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MpichCluster

Setting Up an MPICH2 Cluster in Ubuntu 8.04 LTS Server (Quick-Note)
(https://wiki.ubuntu.com/MpichCluster)

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1. 更改 /etc/hosts，方便遠端直接快速連結。
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假設有兩個 mpi node，所有 node 的 /etc/hosts 都需修改

master@mpi-1:~$ sudo vi /etc/hosts
master@mpi-2:~$ sudo vi /etc/hosts

10.211.55.5 mpi-1
10.211.55.6 mpi-2


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2. 安裝及設定 NFS，讓各 node 有共享的 master folder。
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master@mpi-1:~$ sudo apt-get install nfs-kernel-server

(在此以 mpi-1 主機作為 master)

設定 NFS 目錄與掛載權限

master@mpi-1:~$ sudo mkdir /mpi
master@mpi-1:~$ sudo vi /etc/exports

/mpi *(rw,sync)

master@mpi-1:~$ sudo chown master:master /mpi
master@mpi-1:~$ sudo /etc/init.d/nfs-kernel-server restart

在其他 node 掛載 mpi-1 master folder

master@mpi-2:~$ sudo mkdir /mpi
master@mpi-2:~$ sudo chown master:master /mpi
master@mpi-2:~$ sudo apt-get install nfs-common
master@mpi-2:~$ sudo mount -t nfs mpi-1:/mpi /mpi

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3. 安裝 ssh，設定金鑰讓各 node 之間以 master 帳號連結不用輸入密碼。
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(主要是為了方便往後可在 scripts 裡設定各 node 自動串連)

master@mpi-1:~$ sudo apt-get install ssh
master@mpi-2:~$ sudo apt-get install ssh

master@mpi-1:~$ ssh­-keygen ­-t dsa
master@mpi-1:~$ scp .ssh/id_dsa.pub master@mpi-2:~/mpi-1.pub
master@mpi-2:~$ cat mpi-1.pub >> .ssh/authorized_keys

master@mpi-2:~$ ssh­-keygen ­-t dsa
master@mpi-2:~$ scp .ssh/id_dsa.pub master@mpi-1:~/mpi-2.pub
master@mpi-1:~$ cat mpi-2.pub >> .ssh/authorized_keys

測試登入 (不用輸入密碼)

master@mpi-1:~$ ssh mpi-2
master@mpi-2:~$ ssh mpi-1

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4. 安裝 MPICH2
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http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2

只要在 mpi-1 master folder 安裝一次即可

master@mpi-1:~$ cd /mpi
master@mpi-1:/mpi $ wget http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/downloads/tarballs/1.1.1p1/mpich2-1.1.1p1.tar.gz

master@mpi-1:/mpi $ sudo apt-get install build-essential
master@mpi-1:/mpi $ mkidr mpich2
master@mpi-1:/mpi $ tar xzvf mpich2-­1.1.1p1.tar.gz
master@mpi-1:/mpi $ cd mpich2­-1.1.1p1
master@mpi-1:/mpi/mpich2­-1.1.1p1 $ ./configure --­prefix=/mpi/mpich2
master@mpi-1:/mpi/mpich2­-1.1.1p1 $ make
master@mpi-1:/mpi/mpich2­-1.1.1p1 $ sudo make install

設定 PATH 環境變數 (每個 node 都要設定)

master@mpi-1:~$ vi .bashrc
master@mpi-2:~$ vi .bashrc

export PATH="/mpi/mpich2/bin:$PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="/mpi/mpich2/lib:$LD_LIBRARY_PATH"

在各個 node 上測試程式路徑是否正確

master@mpi-1:~$ which mpd
master@mpi-1:~$ which mpiexec
master@mpi-1:~$ which mpirun

master@mpi-2:~$ which mpd
master@mpi-2:~$ which mpiexec
master@mpi-2:~$ which mpirun

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5. 設定 MPICH2
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在各個 node 上建立 .mpd.conf 及 mpd.hosts

master@mpi-1:~$ vi mpd.hosts
master@mpi-2:~$ vi mpd.hosts

mpi-1
mpi-2

master@mpi-1:~$ echo MPD_SECRETWORD=xxx-xx > .mpd.conf
master@mpi-1:~$ chmod 600 .mpd.conf
master@mpi-2:~$ echo MPD_SECRETWORD=xxx-xx > .mpd.conf
master@mpi-2:~$ chmod 600 .mpd.conf

啟動各個 node 的 mpi service

master@mpi-1:~$ mpd &
master@mpi-1:~$ mpdboot -n 2
master@mpi-2:~$ mpd &
master@mpi-2:~$ mpdboot -n 2

在各 node 上檢查是否運行成功

master@mpi-1:~$ mpdtrace
mpi-1
mpi-2

master@mpi-2:~$ mpdtrace
mpi-1
mpi-2

完工

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6. 另外可搭配安裝設定 mpiBLAST
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master@mpi-1:~$ sudo apt-get install libncbi6 libncbi6-dev ncbi-data ncbi-tools-bin ncbi-tools-x11 libncbi6-dbg csh

Installation Guide:
http://www.mpiblast.org/Docs/Install

.

If you had the same issue in Ubuntu8.10, you could found the solution included in the “8.10 Release Notes“.

Atheros ath5k wireless driver not enabled by default

The version of the ath5k driver for Atheros wireless devices included in Linux 2.6.27 interferes with the use of the madwifi driver for some wireless devices and as a result has been disabled by default. Many Atheros chipsets will work correctly with the madwifi driver, but some newer chipsets may not, and the madwifi driver may not work with WPA authentication. If you have an Atheros device that does not work with madwifi, you will want to install the linux-backports-modules-intrepid-generic package, which includes an updated version of the ath5k driver. While not installed by default, this linux-backports-modules-intrepid-generic package is included on the Ubuntu 8.10 CD and DVD images for ease of installation.

Wireless doesn’t work after suspend with ath_pci driver

Wireless devices that use the ath_pci kernel driver, such as the Atheros AR5212 wireless card, will be unable to connect to the network after using suspend and resume. To work around this issue, users can create a file /etc/pm/config.d/madwifi containing the single line:

SUSPEND_MODULES=ath_pci

This will cause the module to be unloaded before suspend and reloaded on resume.

在這一篇 Ubuntu on Sony VAIO TZ37TN/B (二) Fan Speed Controller 提到 TZ37 在運作 Ubuntu 時，電腦會特別的燙，原本以為是 CPU 風扇控制不良，於是寫了風扇控制的 Scripts 來降溫。後來發現原來最大的熱源來自於 Intel 4965AGN 這張網卡，於是來到了 LessWatts.org 網站來挖寶。

目前以 Fan Speed Controller Scripts 搭配 LessWatts.org Tips & Tricks 之後，我的 TZ37 已經不再發燙。

根據 LessWatts.org Tips & Tricks 所修改的設定：

echo 5 >/sys/bus/pci/drivers/iwl4965/0000\:03\:00.0/power_level
echo 1 >/sys/devices/system/cpu/sched_mc_power_savings
echo 10 >/sys/bus/usb/devices/usb1/power/autosuspend
echo 10 >/sys/bus/usb/devices/usb2/power/autosuspend
echo 10 >/sys/bus/usb/devices/usb3/power/autosuspend
echo 10 >/sys/bus/usb/devices/usb4/power/autosuspend
echo 10 >/sys/bus/usb/devices/usb5/power/autosuspend
echo auto >/sys/bus/usb/devices/usb1/power/level
echo auto >/sys/bus/usb/devices/usb2/power/level
echo auto >/sys/bus/usb/devices/usb3/power/level
echo auto >/sys/bus/usb/devices/usb4/power/level
echo auto >/sys/bus/usb/devices/usb5/power/level
echo 10 >/sys/module/snd_hda_intel/parameters/power_save
echo 1500 >/proc/sys/vm/dirty_writeback_centisecs
hal-disable-polling --device /dev/cdrom
hdparm -B 1 -S 12 /dev/sda
echo ondemand >/sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_governor
echo 5 >/proc/sys/vm/laptop_mode
ethtool -s eth0 wol d
ethtool -s eth0 autoneg off speed 100
ifconfig eth0 down

關閉藍牙以及內建CD-ROM的電源：

echo 0 > /sys/devices/platform/sony-laptop/bluetoothpower
echo 0 > /sys/devices/platform/sony-laptop/cdpower
hciconfig hci0 down

刪除沒用到的一些硬體相關的核心模組：

rmmod hci_usb ohci1394 sbp2 ieee1394 bluetooth joydev pcmcia parport_pc lp parport tpm_infineon tpm tpm_bios yenta_socket rsrc_nonstatic pcmcia_core ricoh_mmc

PowerTop 測試一下：

Cn Avg residency P-states (frequencies)
C0 (cpu running) ( 2.1%) 1333 Mhz 0.4%
C1 0.0ms ( 0.0%) 1067 Mhz 0.0%
C2 0.1ms ( 0.0%) 800 Mhz 99.6%
C3 7.4ms (97.8%)

Wakeups-from-idle per second : 133.7 interval: 15.0s
Power usage (ACPI estimate): 7.4W (8.2 hours)

Top causes for wakeups:
35.9% ( 65.2) : Rescheduling interrupts
20.1% ( 36.5) : i915@pci:0000:00:02.0
12.3% ( 22.4) : extra timer interrupt
10.9% ( 19.9) compiz.real : schedule_timeout (process_timeout)
9.5% ( 17.2) firefox : futex_wait (hrtimer_wakeup)

雖然 PowerTop 跑出 7.4W (8.2 hours)，但可想而知，8.2 hours 是不切實際的數字，下次再來把實際的使用時間記錄下來，看看服用了這些保命長壽丹之後，TZ37 的續航可以延長到多久。

一拿到 TZ37 時, 馬上感受到, 哇靠! 這真是一台超輕薄的筆電, 但是隨即而來的就是: 漸漸的不能忍受他龜慢的速度, 尤其又是一台 1.8″吋 4200rpm 的硬碟在拖垮效能, 於是想起了過去 小黑愛機 X40 不好的歷史....

首先用 bootchart 測一下 TZ37 的開機速度, 測出來為: 1分5秒, 完整的開機到能使用桌面應用程式, 總共花費 2分17秒!

嗯, 真的很慢, 光開個機就要等上兩分多鐘, 於是我祭出了海陸套餐:

• X31 於 Ubuntu 7.10 的調校
• Debian 開機速度調教
• HOWTO: Enable prelink
• Ultimate Ubuntu performance tweaking guide
• Feisty Performance - “Fly Like A Butterfly”
• [閒聊]有趣的 tmpfs

這下子調整完後, 咱們看看 TZ37 是否有跑的更快一點, bootchart 測出秒數為 26秒, 完整的開機到能使用桌面應用程式, 總共花費 1分35秒!

嗯, 還不夠快, 後來我把腦筋動到了高速隨身碟上, 由於 1.8″ ZIF 介面的 SSD 目前價位都還貴的離譜, 因此參考這篇 分秒必爭 24款USB高速閃存盤橫評總結, 買了一支 ADATA PD7 (8G) 回來當作主系統碟使用!

動了一點手術, 我把 TZ37 的 Ubuntu Linux 全部移植到這支 PD7 裡, 把內建硬碟的系統全砍了, 將 1.8″吋 120G 的硬碟當作資料碟及備份碟使用, 測試的結果發現 PD7 快閃碟拿來當作系統碟時, 存取速度還蠻快的, 開啟應用程式也不會有一般機械式硬碟那種 lag 的感覺, 一整個就很流暢!

使用 bootchart 測速, 安裝在 PD7 上的 Ubuntu, 開機只要 21秒, 完整的開機到桌面底下, 花費 44秒!! 接著使用 hdparm 來測存取速度, PD7 測出來的 Timing cached reads: 648.17MB/sec, Timing buffered disk reads: 30.42MB/sec, 對照 TZ37 內建的 ZIF介面 1.8″ HDD 為 644.42MB/sec 及 28.27MB/sec.

雖然 hdparm 測出來兩者差距不大, 但是系統實際在運作時, 速度明顯的快速許多, 猜想是快閃碟平均檔案存取速率(Average access time) 以及隨機讀取速率非常快的因素所致, 這點跟 SSD 性質很類似!

對於目前的 Ubuntu on TZ37+PD7 的速度, 大致上已經很滿意了, 接下來如果還能 tuning 出更多的效能的話, 再繼續寫續集吧!

(PS: 最後補充一下 TZ37 在 Ubuntu 下的續航力: 裝一般電池+PD7系統碟+USB 無線光學鼠+螢幕亮度開第三格+開啟無線網路, MSN聊天+上網找資料, 可使用 4小時40分鐘左右... 很讚吧!)

在 Sony Vaio TZ Series: Quest for 100% Compatibility 討論串裡看到有人問到: I would like to know if around 60 degrees C is a normal temperature (normal use) for the processors. Sometimes I increase the fan speed (using spicctrl) but very soon it decreases. I did not see any option in the bios to get more fan speed at a given temperature. Do you have an idea?

我也測試了一下, 果真發現 TZ37 在 Ubuntu 底下, 風扇控制不甚理想, 為了讓機器更涼快點, 於是寫了一段碼, 即時監控 CPU 溫度, 讓他不飆超過 55度c!

$ sudo apt-get install spicctrl
$ vi /home/cyj/bin/FanSpeedController.sh

• #!/bin/bash
• declare -i temp=`spicctrl -T`
• if [ "$temp" -gt "55" ]; then
• spicctrl -f 255
• fi

$ sudo vi /etc/rc2.d/S99FanSpeedController

• watch -n 120 “/home/cyj/bin/FanSpeedController.sh”

這樣系統每隔兩分鐘 check 一次 CPU 溫度, 如果超過 55度c 的話, 它就 “全速運轉” 一陣子, 直到溫度低於 55度c , 就會恢復原本該有的預設風速! (如果覺得兩分鐘太頻繁的話, 可手動修改 watch 的秒數, 即使改成 10分鐘一次, 也能有效降溫...)

告別過去的 Macbook Triple Boot: Used Bootcamp, 以及 Ubuntu 7.04 on MacBook: Used Bootcamp 之後, 近日接手一台 Sony Vaio TZ37/TN, 沒有了 Parallels / Bootcamp 後, 終於能玩玩 pure Linux 了 (純的喔!)

直接上陣的是 Ubuntu 7.10, 參照 Sony Vaio TZ Series: Quest for 100% Compatibility 來安裝系統, 在預設未調整的 Base-System下, 一裝好能 work 的有 (out-of-the-box):

• Intel 950 Graphics (3D 正常, 1366×768 寬螢幕解析正常)
• Wired Ethernet
• Intel 4965 (A,G,N Wireless)
• Bluetooth (Bluetooth Mouse on Ubuntu)
• Touchpad (包含右邊的滑動區域都正常)
• Integrated Media Buttons (僅有退片鈕可以動)
• FN Keys (音量調整鈕能動, LCD背光不能動)

調整後能 work 的有:

• Sound (除了耳機孔輸出與喇叭輸出分開外, 一切正常)
• Headphone Jack Sensing (正常)
• Motion Eye (正常)
• HSDPA modem (HUAWEI E220 3.5G 正常)
• Suspend to Ram (僅有 AC_power 時才能, Battery_power 會當掉)
• Suspend to Disk (無論如何, 死當就是了....)

確定無法啟動的有:

• Fingerprint Sensor
• Memory Card Reader (Ricoh)

.
Sound Card 的調整:
$ sudo vi /etc/modprobe.d/alsa-base
添加 options snd-hda-intel model=sony-assamd
.
HSDPA modem (HUAWEI E220 3.5G) 的驅動:

1. https://forge.vodafonebetavine.net/frs/?group_id=12&release_id=11
2. http://static.scribd.com/docs/6kdtdm1khgp7g.pdf

.
LCD 背光 FN Keys 設定:
$ sudo vi /etc/init.d/hotkey-setup (修改下列)
Sony*)
#modprobe sonypi; (把 modprobe sonypi 註解)
modprobe sony-laptop
.
Touchpad 的解析設定:
$ sudo vi /etc/X11/xorg.conf
Section “InputDevice”
Identifier “Synaptics Touchpad”
Driver “synaptics”
Option “AlwaysCore”
Option “SendCoreEvents” “true”
Option “Device” “/dev/input/mouse1″
Option “Protocol” “auto-dev”
Option “ZAxisMapping” “4 5″
Option “Emulate3Buttons” “yes”

Option “LeftEdge” “102″
Option “RightEdge” “921″
Option “TopEdge” “80″
Option “BottomEdge” “641″
Option “MaxTapTime” “180″

# Cover the whole 1280×800 display from one edge to the other:
Option “MinSpeed” “0.1″
Option “MaxSpeed” “0.8″
Option “AccelFactor” “0.2″
Option “EdgeMotionMinSpeed” “15″
Option “EdgeMotionMaxSpeed” “15″
Option “UpDownScrolling” “1″

# Button handling:
# - Middle and Right click are *REVERSED* on the pad buttons
# (as I more often middle-click than right-click)
# - Top Right simulates MIDDLE click
# - Bottom Right simulates RIGHT click
Option “RTCornerButton” “2″
Option “RBCornerButton” “3″
Option “LTCornerButton” “0″
Option “LBCornerButton” “1″
Option “TapButton1″ “0″
Option “TapButton2″ “3″
Option “TapButton3″ “2″
Option “SHMConfig” “on”
EndSection
.
Motion Eye 的細節設定較繁複:
參照 Sony Vaio TZ Series: Quest for 100% Compatibility.

Suspend to Ram & Disk 的細節設定較繁複:
參照 Sony Vaio TZ Series: Quest for 100% Compatibility. 或者直接採用 這裡 的檔案!

.

桌面 3D 環境美化及調整:

硬體驅動及設定完成後, 先給他 dist-upgrade 一下, 接著安裝 lazybuntu, 輕輕鬆鬆搞定桌面應用軟體, 如果覺得預設桌面環境不夠炫的話, 可參考下面文章來美化桌面!

• Ubuntu 7.10 加 Windows Vista，超華麗雙重開機
• 在 Ubuntu 7.10 中安裝 Screenlets
• Avant Window Navigator (AWN Dock)
• http://www.gnome-look.org/

.
視窗邊框半透明:
$ sudo apt-get install emerald
CCSM -> 視窗裝飾 -> 指令 -> emerald --replace (解決視窗邊框消失問題)
Emerald Theme Manager (細部微調邊框半透明樣式)

到此為止, Ubuntu 7.10 在 TZ37 上已經相當好用了, 不過還是遇到了投影機外接螢幕的問題, 參照了 Ubuntu 7.10 的切換螢幕程式, 輕鬆搞定!

目前已經處理完 TZ37 的硬體驅動以及桌面應用環境的佈設, 在下一篇文裡, 將分享 TZ37+Ubuntu 效能調校的測試數據!

Feisty 效能調教，這可能不是最完善的，但是值得參考！
對 Linux 效能調教及更多資訊，有興趣者不妨 Google 一下，
有好文章也歡迎提供囉！

FYI: Feisty Performance - “Fly Like A Butterfly”

今天使用 Bootcamp 安裝 Ubuntu 7.04 (雙重開機)，
初步測試結果，大致上沒有什麼問題，過程也相當容易。

至於會不會比在 Parallels 中要好用？這就見仁見智了。
要我選的話，我覺得在 Parallels 裡，好用很多！
(而且速度也不比 Bootcamp 慢多少)

以下是在 Bootcamp 下測試的初步結果：

1. 寬螢幕正常，3D 加速正常，跑 Beryl 正常。
2. 網路一切正常，無線網路也正常。
3. TouchPad 功能正常，右鍵綁到 F12。
4. TouchPad 雙手指滾輪模式正常。
5. F1-F2 鍵，調整螢幕背光正常。
6. F3-F5 鍵，音量控制正常。
7. F12 右邊的光碟退出鈕正常 。
8. 紅外線遙控器正常。
9. 藍芽配對正常。
10. 電源管理、CPU頻率調整及風扇控制正常。
11. 休眠與待命正常。
12. LCD 投影模式正常。

實作的主要參考資源：
https://help.ubuntu.com/community/MacBook

4/30 在 NCCU 應用數學系，由 Ducati 來介紹：Ubuntu 入門、應用與安裝。
以下是相關的宣傳資料、海報與當天的投影片，朋友們不妨參考。

演講投影片 (pdf) 下載：Ubuntu installfest (pdf)

很感謝 政大蔡炎龍老師、政大的同學們，李聖瑋 (Ducati) 等人的協助幫忙，
4/30 Ubuntu installfest @ NCCU 大家就在 政大 見面啦！